Chất độc cholera là một phức hợp oligomeric gồm sáu đơn vị protein nhỏ: một bản sao đơn của đơn vị nhỏ A (phần A, enzyme), và 5 bản sao của đơn vị nhỏ B (phần B, liên kết thụ thể), được biểu thị là AB5. Đơn vị nhỏ B liên kết trong khi đơn vị nhỏ A kích hoạt protein G kích hoạt cyclase adenylat. Cấu trúc ba chiều của độc tố được xác định bằng cách sử dụng tinh thể tia X của Zhang et al. vào năm 1995.[4]

Năm đơn vị nhỏ B - có trọng lượng 11 kDa cho mỗi đơn vị, tạo thành một vòng tròn năm đơn vị. Đơn vị nhỏ A là 28 kDa, có hai phân đoạn quan trọng. Phần A1 của chuỗi (CTA1) là một tải trọng enzym hình cầu mà các protein ADP-ribosylates G, trong khi chuỗi A2 (CTA2) hình thành một sợi xoắn alpha mở rộng, nằm trong lỗ trung tâm của vòng phân chia B.[5]

Cấu trúc này có hình dạng, cơ chế và trình tự tương tự với enterotoxin, không ổn định nhiệt do một số dòng vi khuẩn Escherichia coli tiết ra.